制藥純化水系統采用離子交換及反滲透、離子交換聯合等方法制得純化水，再經蒸餾的方法制取注射用水，制藥用水生產工藝中，離子交換技術作為深度除鹽手段仍被普遍采用，但離子交換樹脂再生時會產生大量廢酸、廢堿，嚴重污染環境，發展受到制約。

   反滲透膜對水中的細菌、熱原、病毒及有機物的去除率達到100％，二級反滲透雖可以免除使用離子交換樹脂，但對原水的含鹽量要求*，因為目前反滲透裝置的系統脫鹽率為98％左右，如果原水含鹽量高，則產 水電導率就會超過控制指標。由于水的硬度主要由鈣、鎂形成及表示，故一般采用陽離子交換樹脂(軟水器)，將水中的Ca2+、Mg2+（形成水垢的主要成份）置換出來，隨著樹脂內Ca2+、Mg2+的增加，樹脂去除Ca2+、 Mg2+的效能逐漸降低。 

   當樹脂吸收一定量的鈣鎂離子之后，就必須進行再生，再生過程就是用鹽箱中的食鹽水沖洗樹脂層，把樹脂上的硬度離子在置換出來，隨再生廢液排出罐外，樹脂就又恢復了軟化交換功能。制藥純化水系統工作、反洗、吸鹽(再生)、慢沖洗(置換)、快沖洗五個過程，不同軟化水設備的所有工序非常接近，只是由于實際工藝的不同或控制的需要，可能會有一些附加的流程。任何以鈉離子交換為基礎的制藥純化水系統是在這五個流程的基礎上發展來的。

   工作一段時間后的設備，會在樹脂上部攔截很多由原水帶來的污物，把這些污物除去后，離子交換樹脂才能*曝露出來，再生的效果才能得到保證。反洗過程就是水從樹脂的底部洗入，從頂部流出，這樣可以把頂 部攔截下來的污物沖走。這個過程一般需要5-15分鐘左右，鹽水注入樹脂罐體的過程，傳統設備是采用鹽泵將鹽水注入，制藥純化水系統采用的內置噴射器將鹽水吸入(只要進水有一定的壓力即可)。

   在實際工作過程中，鹽水以較慢的速度流過樹脂的再生效果比單純用鹽水浸泡樹脂的效果好，制藥純化水系統采用鹽水慢速流過樹脂的方法再生，這個過程一般需要30分鐘左右，實際時間受用鹽量的影響。在用鹽水 流過樹脂以后，用原水以同樣的流速慢慢將樹脂中的鹽全部沖洗干凈的過程叫慢沖洗，由于這個沖洗過程中仍有大量的功能基團上的鈣鎂離子被鈉離子交換，根據實際經驗，這個過程中是再生的主要過程，所以很多人 將這個過程稱作置換。這個過程一般與吸鹽的時間相同，即30分鐘左右。 

   為了將殘留的鹽*沖洗干凈，要采用與實際工作接近的流速，用原水對樹脂進行沖洗，這個過程的后出水應為達標的軟水。一般情況下，快沖洗過程為5-15分鐘。